ROX參比染料在實時定量PCR（Polymerase Chain Reaction）中扮演著重要的角色。它的主要作用是作為內參，用於校正樣本之間的差異，確保準確的定量結果。ROX提供穩定的參考信號，幫助校正PCR反應中的擴增效率和螢光信號強度。在PCR反應體系中，ROX與擴增產物同時放大，生成螢光信號，通過檢測其螢光強度，可以評估PCR反應的效率和螢光信號的變化情況。
使用ROX參比染料的好處包括：
校正單次反應運行中由於泡沫或蒸發/冷凝而導致的信號改變。
為故障分析提供一項強有力的診斷工具，每次循環採集參比染料信號，不受PCR反應影響。
均一化校正由於移液誤差或蒸發所導致的批內體積差異。
均一化校正批間體積差異，提供更連續一致的批間重複Ct值。
ROX參比染料的廣泛套用使得科研人員能夠更加準確地分析和研究基因表達、突變檢測和病毒定量等相關領域。在基因表達研究中，通過與目標基因的螢光信號進行比較，可以準確計算出不同樣本中目標基因的表達水平差異。在突變檢測中，ROX幫助校正樣本之間的差異，提高突變檢測的準確性。在病毒定量中，通過測量ROX的螢光信號，可以對病毒載量進行準確的定量分析。
為了獲得準確的定量結果，使用ROX參比染料時需要注意以下幾點：
ROX的濃度應根據實驗要求進行最佳化，以確保其在合適的範圍內工作。
ROX的穩定性較好，但仍需避免長時間的光照和高溫暴露，以保持其螢光信號的穩定性。
在數據分析時，需要正確設定ROX通道的基線和閾值，以準確計算擴增產物的相對表達量。