TCA沉澱法的原理主要涉及三氯乙酸（TCA）與蛋白質的相互作用。具體來說：
滲透：TCA溶液中的三氯乙酸分子能夠滲透進入細胞或組織，與其中的蛋白質結合。
凝固：TCA與蛋白質結合後，會引起蛋白質的凝固作用，形成一層蛋白質凝固物。
脫落：凝固的蛋白質凝固物會逐漸脫落，從而去除老化的角質層和一部分色素沉著。
促進再生：TCA的刺激作用能夠激發皮膚細胞的再生能力，促進膠原蛋白和彈力纖維的合成，改善皮膚的彈性和光澤。
在生物化學領域，TCA沉澱法也用於蛋白質的沉澱，其原理涉及到蛋白質在水溶液中的穩定性和鹽析作用。蛋白質在水溶液中以親水膠體形式存在，當加入中性鹽時，蛋白質的溶解度會隨著鹽濃度的增加而先增加後降低，最終導致蛋白質析出。這是因為鹽離子與蛋白質表面的離子基團結合，形成離子對，從而減弱蛋白質分子之間的靜電排斥作用，使蛋白質分子聚集並沉澱。此外，中性鹽的親水性比蛋白質大，鹽離子在水中水化時會使得蛋白質脫去水化膜，暴露出疏水區域，導致蛋白質沉澱。