TCA（三氯乙酸）沉澱蛋白的原理主要包括以下幾個方面：
形成不溶性鹽：在酸性條件下，TCA與蛋白質形成不溶性鹽，導致蛋白質沉澱。
蛋白質變性：TCA作為蛋白質變性劑，能使蛋白質的構象發生改變，暴露出較多的疏水性基團，這些基團相互聚集，促使蛋白質沉澱。
分子內部滲透：隨著蛋白質分子量的增大，其結構複雜性與緻密性越大，TCA可能滲入分子內部，使蛋白質較難被完全除去。在電泳前樣品加熱處理時，TCA可能導致蛋白質結構發生酸水解而形成碎片，且這一作用隨時間延長而愈加明顯。
溶劑化作用減少：TCA可以與蛋白質結合的水相互作用，減少蛋白質分子的溶劑化。此外，TCA還能誘導蛋白質的部分結構形成中間態，這些中間態暴露出更多的疏水基團，並相互結合形成沉澱物。
TCA沉澱蛋白的過程受多種因素影響，包括蛋白質濃度、TCA濃度、溫度和反應時間等。