透射電子顯微鏡（TEM）的操作流程主要包括以下步驟：
準備工作。確保實驗室區域的安全性，使用個人防護設備如實驗室衣物、手套和護目鏡。準備待測樣品，對樣品進行適當的固定和切片處理，以便在TEM中觀察。
樣品載入。將樣品載入到TEM樣品架上，確保樣品位於支撐薄膜上，並避免灰塵和污染。
調整TEM參數。選擇電子能量，根據樣品性質調整以獲得最佳解析度；調整對比度，確保樣品中的細節清晰可見；設定放大倍數，根據需要選擇適當的放大倍數；使用TEM的對焦系統調整以獲得清晰的圖像，並調整照明以確保樣品受到足夠的電子照射。
拍攝圖像。選擇攝像模式，如高解析度TEM或掃描透射電子顯微鏡(STEM)；使用相應的攝像設備拍攝樣品的圖像，確保曝光時間和對比度設定適當。
進行譜學分析（可選）。如果有能譜分析功能，進行樣品的能譜分析以確定樣品中元素的組成；利用電子衍射模式分析樣品的晶體結構。
數據保存。將獲得的TEM圖像保存到計算機或其他存儲介質上，以備後續分析和報告使用。
關閉TEM。在完成實驗後，停止透射電子顯微鏡的運行，根據儀器要求逐步冷卻樣品架，以防止樣品損傷。