三清山 擁有 豐富的植物 資源， 包括被子植物、裸子植物、蕨 類植物等。根 據 調查 鑑定，三清山的珍稀 樹 種有白豆杉、香果 樹、 華 東 黃杉、 華 東 鐵杉、福建柏、木 蓮、高山 黃 楊等。此外，三清山西北麓 還有方竹、古 銀杏、金桂、 羅 漢松、 纓 絡柏等名 貴 樹 種。
除了 這些珍稀 樹 種，三清山 還生 長 著多 種 藥用植物，如大血藤、厚 撲、 鈎藤、杜仲、南沙 參、前胡、括萎、 細辛、 麥冬、 黃 蓮、 黃精、何首 烏、石耳、 靈芝、忍冬、 銀杏、辛等。
在三清山，花 開四季，主要品 種有杜 鵑花、天女花、木海棠、瑞香、 紅茶 華、玉 蘭、 櫻花、梅花、含笑、 鳳仙、萱草、二月 蘭、 獨蒜 蘭、水晶 蘭、 黃精、百合花、山桃花、六月雪、扁枝越桔及野牡丹等。
三清山 風景名 勝 區地 處 亞 熱 帶 濕 潤季 風 區，境 內原始森林茂密，植被以常 綠 針 闊天然混交林 為主，因此有效地保存了大量的草本 類 藥用植物和木本 類 藥用植物。