丙酮通常情況下是有毒的，對人體有害，主要損害人體中樞神經系統，造成中樞神經系統麻醉，多數會表現為乏力、噁心、嘔吐、頭痛、頭暈、容易激動、皮膚瘙癢、紅腫、潰爛、流淚、全身乏力、氣急等症狀。
如果長時間或者濃度較高的接觸丙酮，會對肝臟、胰臟、腎臟產生損害，嚴重者可能會出現失去知覺、昏迷甚至死亡。如果不小心讓丙酮液體濺入眼內淚，會對眼睛產生明顯的刺激症狀和一過性的角膜損傷，有的患者還會出現視力下降，甚至失明等比較嚴重的不良反應。
日常生活中如從事需要接觸丙酮的工作，一定要佩戴眼鏡和活性碳口罩，保護好皮膚及黏膜避免接觸，並保持工作環境通風，可藉助排氣扇等工具，降低工作環境中的丙酮濃度。如果不慎吸入中毒，首先要遠離中毒場所，將患者轉移到通風透氣的地方，保證患者的呼吸狀況正常，繼續吸氧，必要時進行人工呼吸。口服中毒者需要立即到醫院的急診科進行催吐、洗胃治療。