生態補償制度是一種旨在防止生態環境破壞、促進生態系統良性發展的新型環境管理制度。
生態補償制度以從事對生態環境產生或可能產生影響的生產、經營、開發、利用者為對象，以生態環境整治及恢復為主要內容，以經濟調節為手段，以法律為保障。生態補償制度包含狹義和廣義兩種含義。狹義上，它指的是對由人類活動造成的生態破壞和環境污染進行的補償、恢復和綜合治理。廣義上，它還包括對因環境保護而喪失發展機會的居民進行經濟、技術、實物上的補償，以及政策上的優惠，和提高環保意識和水平的科研、教育投入。
此外，生態補償制度還綜合運用行政和市場手段，調整生態環境保護和建設相關各方之間的利益關係，具有經濟激勵作用，與「污染者付費」原則並存，基於「受益者付費和破壞者付費」的原則。該制度是加快生態文明體制改革的重要舉措，有助於推動環境保護工作從以行政手段為主向綜合運用多種手段轉變，促進資源的可持續利用和推進環境友好型社會的建設。