職能結構是指實現組織目標所需的各項業務工作以及這些工作之間的比例和關係。
職能結構的考量維度包括職能交叉(重疊)、職能冗餘、職能缺失、職能割裂(或銜接不足)、職能分散、職能分工過細、職能錯位、職能弱化等方面。在職能結構中，每個上級部門並沒有單一服從自己的下級部門，同樣每個下級部門也不只服從一箇上級部門。職能結構依靠水平分工領導，拓展了各層管理事務的範圍。適宜於相對較複雜的管理工作，但下級部門由於多頭領導，容易出現政出多門的情況，而領導部門如果相互缺乏協調，反倒會造成執行混亂的局面。
此外，職能結構也可以指以職能爲基礎的組織結構，即將組織按照職能劃分爲不同的部門或崗位，每個部門或崗位都負責特定的職能或任務。