北京一卡通可以通過多種方式進行充值，以下是一些常用的方法：
使用北京一卡通APP充值。首先，在手機套用商店下載「北京一卡通」APP；然後，登錄APP，可以使用手機號加簡訊驗證碼的方式登錄，首次使用需要進行實名認證；接著，在APP首頁點擊「手機一卡通」按鈕；然後，輸入充值金額並選擇支付方式完成支付。
使用手機的錢包功能（適用於iOS系統並具備NFC支付功能的手機）。在蘋果手機中，打開錢包套用，點擊「市政交通一卡通」卡片；接著，點擊「充值」按鈕並輸入充值金額；最後，按照提示，使用綁定銀行卡完成充值。
人工充值。可以前往一卡通人工服務網點進行充值，單次充值額需為10元整數倍，卡內餘額不得超過1000元。
移動充值（使用具有NFC功能的智慧型手機）。下載「北京一卡通」App，對帶有「©」標識的北京一卡通或北京互通卡實體卡進行貼卡充值；或者對於手機一卡通/手機互通卡用戶，可直接通過APP線上充值。
自助服務設備充值。可以通過一卡通多功能自助一體機、捷運自助售票/充值機、銀行ATM等自助設備進行充值。
此外，還可以通過將學生卡貼近手機背部的NFC感應區進行貼卡充值。