製作大悲咒水的方法如下：
準備一杯水，可以選擇不同的水源，最好的是井水、泉水或礦泉水，如果條件不允許，也可以使用溪水、河水（需確保水質乾淨），最差的選擇是自來水、冷開水或蒸餾水。
來到佛菩薩像前，如果沒有佛菩薩像，可以在心中觀想，然後焚香三枝，禮佛三叩首，每一叩首都念一句「恭請大悲大慈救苦救難觀世音菩薩慈悲護持」。
念誦大悲咒，手持水杯，念誦大悲咒，念誦的數量可以根據個人情況而定，一般建議念二十一遍或者一百零八遍，念誦的越多，加持的咒力就越多。
加持水杯，如果手持水杯不方便，可以將水杯放在佛像前或身體前方，念誦大悲咒後，回向說：「願將我以上所念大悲咒某某遍數加持這杯水中，弟子祈請觀世音菩薩摩訶薩慈悲加持！」說三遍即可。
使用大悲咒水，可以直接飲用，或者用來清洗有疾病的皮膚，如果身體外表有疾病，可以一部分咒水飲用，一部分咒水塗抹身體皮膚病痛處。
注意事項，大悲咒水的效果因人而異，主要是自身修行的咒力、功德力等。此外，如果能夠配合中藥治療，效果更好。身體疾病結合懺悔罪業、放生等恢復的能更加快速一些。