天然水晶的鑑別可以通過以下幾種方法進行：
觀察顏色和紋理。天然水晶的顏色分布可能不均勻，尤其是整串水晶，這種不均勻性是由其自然形成的特性決定的。同時，天然水晶中可能看到橫紋或絮狀紋理。相比之下，假水晶的顏色可能比較均勻，缺乏這種自然紋理。
使用放大鏡觀察氣泡。在十倍放大鏡下，天然水晶幾乎不會看到小氣泡。而假水晶或人造水晶在放大鏡下則可以看到氣泡。
檢查光彩。天然水晶在陽光下從不同角度看可能放出美麗的光彩，這是其自然特性的表現。相比之下，假水晶可能沒有這樣的光彩。
雙折射實驗。將水晶放在一根頭髮絲上時，由於雙折射性，可以看到頭髮絲形成雙影。如果看到的是單影，則可能是假水晶。
感受涼意。天然水晶觸手時比較涼爽，即使握在手裡一段時間，也不會發熱，保持涼意。相比之下，假水晶可能沒有這種感覺。
檢查硬度。天然水晶的硬度非常高，用硬物在其上劃一下，不會留下痕跡。如果留下痕跡，則可能是假水晶。
觀察二色性。對於紫水晶來說，天然的紫水晶具有二色性，而假水晶沒有。
感受光澤和手感。天然水晶具有玻璃光澤或油脂光澤，手感溫潤細膩，而假水晶的光澤度不高，顯得暗淡，手感粗糙。
這些方法都是輔助手段，幫助辨別天然水晶和假冒產品。在購買昂貴的水晶時，建議到專業機構進行鑑定。