太湖水污染的原因主要包括自然因素和人為因素。自然因素方面，太湖在初夏季節水溫較高、水位較低，且水體流動性差，這有利於污染物的積累。人為因素方面，太湖水污染的主要原因有：
工業污染：附近工業發達，大量工業污水直接排放到太湖，其中的有害物質嚴重污染湖水。
農業污染：農業活動導致大量污水和農藥殘留物排入太湖，增加了水體中的污染物負荷。
生活污染：沿岸人口眾多，產生的大量生活污水和垃圾直接排入或傾倒在太湖沿岸，導致水質惡化。
富營養化：由於氮、磷等無機鹽的過度積累，促進了藻類（如藍藻）的大量繁殖，形成「水華」。這種現象導致湖水富營養化，進一步加劇了水質惡化。
直接污染：未經過淨化的工業污水直接排入太湖，造成水質污染，生成海藻，從而污染湖水。
綜上所述，太湖水污染是由多種因素共同作用的結果，其中人為因素尤其是工業、農業和生活污染是主要原因，而自然因素則加劇了污染的程度。