關於奧爾特雲的形成，目前並沒有一個確切的理論，但存在幾種假說：
原行星盤殘餘：在恆星形成的過程中，周圍的氣體和塵埃被引力吸引，形成一個叫做原行星盤的物質圓盤。在這個盤中，塵埃和氣體顆粒被引力吸引而聚集成了行星。一些未能被吸附到行星上的氣體和塵埃因為太過散亂，被恆星的重力影響和宇宙射線影響逐漸被吹走，最終形成了奧爾特雲。
恆星之間的碰撞：在原行星盤中，由於塵埃和氣體的摩擦，它們可以被吸附成更大的顆粒，最終形成彗星和小行星等天體。但是在這個過程中，恆星之間的碰撞也會把一些較大的天體從原行星盤中剝離出來，並逐漸漂移到太陽系外圍形成奧爾特雲。
行星大遷移期間形成：在太陽系中，行星軌道的變化清除了碎片。這些物質中的一些被拋向太陽系內部，導致了後期的重轟炸，而大部分向外散射形成了奧爾特雲。
太陽系之外的物質：有些彗星可能來自於其它恆星系統，太陽引力捕獲了靠近恆星系統外部邊緣的物質，其中大多數沉澱在奧爾特雲中。總體而言，這一模擬顯示，奧爾特雲在太陽系的歷史上形成是比較晚的，直到太陽離開恆星孕育室，才進入了現在的狀態。
以上各種假說都有其依據和解釋，但目前還沒有一個能夠完全解釋奧爾特雲的形成過程。