清洗菩提子時，應遵循以下步驟：
清理前準備。需要準備軟毛刷、鋼絲刷、鋼針、毛巾、清水、盆等工具和容器。
浸泡。將菩提子放入溫水中浸泡約2~3小時，以軟化表面的污垢和果皮碎屑，便於後續清理。
初步清洗。使用軟毛刷輕輕刷洗菩提子表面，注意順著紋理方向刷洗，避免損傷菩提子。
使用刷子。對於較髒的菩提子（如金剛菩提），可以使用小刷子沾少量水，順著同一方向進行清潔，確保每個面都被刷到。
深度清潔。如果表面污漬較難去除，可以使用溫和的洗滌劑進行深度清潔。將洗滌劑與水按比例稀釋後，將菩提子浸泡一段時間，然後使用軟毛刷仔細刷洗各個部位，特別是紋理深處和穿孔處。
晾乾。清洗完畢後，應將菩提子放置在陰涼通風處自然晾乾，避免陽光直射和高溫烘烤，以免開裂或變色。
使用吸油紙和乾紙巾。清理完成後，使用吸油紙和乾紙巾擦拭乾淨，去除殘留洗滌劑，並放置一段時間，讓菩提子完全乾燥後再進行盤玩或攜帶。
在整個清洗過程中，應避免使用大量水，以免菩提子吸水過多而變形或損壞。同時，應使用適量的清潔劑，以免對菩提子造成損害。