小琉球碧雲寺的故事可以追溯到清朝時期。當時，福建沿海的漁民經常到小琉球捕魚，在島上發現了一片茂密的樹林，林中有座古廟，香火鼎盛。漁民們便將此事稟報福建巡撫，巡撫便派人前來調查。經過一番查探，發現原來小琉球島上確實有一座古廟，且廟中供奉著文殊菩薩，已有幾百年歷史。
為了更好地管理小琉球海域，保護漁民的生命財產安全，清朝政府在小琉球島上修建了碧雲寺，並派兵駐守。自此之後，小琉球碧雲寺成為福建漁民祈求平安的聖地，也成為了閩台兩地宗教文化交流的重要場所。
在碧雲寺中，有一口古井，相傳為宋代遺物，井水清涼甘甜，寺內和尚依井取水烹茶，遊客也可盡興品嘗。在小琉球碧雲寺內還常能看到黑頸鶴翩躚起舞，引來眾多遊客駐足觀賞。黑頸鶴是小琉球極具特色的野生動物，也是當地生態環境得以保持和發展的見證之一。
總之，小琉球碧雲寺不僅是一座歷史悠久的佛教寺廟，更是閩台兩地宗教文化交流的重要場所，承載著豐富的歷史和文化內涵。