小飛象的故事情節主要圍繞著主角大象米格和他在夢幻奇境中學習飛行展開。米格為了幫助家人，他開始尋找他父親的音樂盒，在尋找過程中，他遇見了失落的飛象和他的聽眾朋友。這些飛象聽眾曾是米格的父親在馬戲表演中為他們演奏音樂，讓他們在森林裡跳起舞來。
在夢幻奇境中，小飛象為了幫助米格學習飛行，他們一起探索森林，並學習如何控制自己的動作和氣流。小飛象還教他如何保持平衡，以及如何利用自己的大耳朵來飛行。他們在一起學習的過程中，他們逐漸建立了友誼。
故事結尾，米格和動物們一同反抗森木村村民，以強迫他們去愛每隻動物。結果村民因為內疚感而感動，同意所有的動物都有自由權利在森林中生存。
此外，電影還包括了與大熊貓蒂蒂的親密友情、與矮人族的美妙音樂和舞蹈等元素。整個故事充滿了愛與友情的溫暖，以及勇敢面對自我、追求夢想的勇氣。