巢式引物是為巢式聚合酶鏈反應（Nest PCR）所設計的引物，其中第二組引物是在第一組引物擴增得到的產物序列範圍內設計的。在巢式PCR中，第一對PCR引物擴增片段與普通PCR相似，而第二對引物，即巢式引物，結合在第一次PCR產物內部，使得第二次PCR擴增片段短於第一次擴增。
巢式PCR的好處在於，如果第一次擴增產生了錯誤片段，第二次擴增在錯誤片段上進行引物配對並擴增的機率極低，因此巢式PCR的擴增非常特異。巢式PCR可以在10的六次方基因組背景下檢測到一個拷貝的病毒基因，且不像二次PCR容易產生成片的產物，是效果最好的PCR，擴增質量最高的PCR。