工程驗收意見應包括以下幾個方面：
工程完成情況：說明工程是否已按設計和合同要求施工完畢，各系統的使用功能是否已運行正常，並符合有關規定的要求。
工程質量問題：記錄施工過程中出現的質量問題是否均已處理完畢，現場是否發現結構和使用功能方面的隱患，以及是否已整改完畢。
工程質量評定：說明工程質量評定情況，包括土地平整工程、農田水利工程、田間道路工程等各個分部分項工程的得分和等級。
工程資料情況：檢查工程資料是否完整、齊全，是否符合法律、法規與驗收規範的要求。
驗收單位與人員情況：說明參加驗收的單位與人員是否符合法律、法規與驗收規範的要求。
驗收結論：綜合以上信息，給出工程是否合格的結論，並指出工程是否已按合同規定申請竣工驗收。
整改要求：如果存在問題，應明確指出整改的要求，並說明整改情況需經相關部門覈實後，將整改情況報給相應的管理機構。
綜上所述，工程驗收意見應全面、客觀地反映工程的質量和完成情況，同時指出存在的問題和整改要求。