巴西千湖沙漠的形成原因是多方面的，主要包括：
千湖沙漠的沙子主要來源於附近的Parnaíba河和Preguias河，這兩條河流攜帶大量泥沙，在入海口處堆積形成沙丘。
該地區受到信風的影響，將沙丘的沙子吹向內陸，隨著時間的推移，形成了千湖沙漠。
該地區的降水量遠高於一般沙漠地區，年降雨量可達1400至1600毫米，這種較高的降水量和熱帶氣候條件是千湖沙漠形成的另一個關鍵因素。
沙丘覆蓋下的地表岩層質地堅硬，滲水性差，使得雨水不能很好地滲透，而是在地表積聚形成湖泊。
此外，千湖沙漠的獨特性在於其「千湖」現象，即使在旱季，許多湖泊也不會完全乾涸，這種現象與該地區的地理和環境條件密切相關。