分辨巴西烏龜的公母可以通過以下幾種方法：
觀察尾巴的不同特徵。公龜的尾巴通常較長且根部較粗，形成一箇銳角三角形，而母龜的尾巴較短，根部細小，形成條狀。公龜的泄殖孔距離腹甲後緣較遠，而母龜的泄殖孔距離腹甲後緣較近。
檢查腹甲的形狀。公龜的腹甲中央通常略微向內凹陷，而母龜的腹甲則相對平坦。這一點在成年龜上尤爲明顯。
觀察前爪的大小。公龜的前爪通常比母龜的長。
觀察體型和體重。公龜的體型通常較小，而母龜的體型較大。不過，需要注意的是，這些特徵在幼年龜身上可能不太明顯。
觀察泄殖腔（尾巴下方的開口）的不同形狀和位置。公龜的泄殖腔更長，更像裂縫，位於尾巴的後1/3處，而母龜的泄殖腔更圓，位置更接近尾巴的底部。
通過這些方法，可以較爲準確地判斷出巴西烏龜的性別。需要注意的是，對於幼年龜（個體重250克以下），由於性未成熟，性別鑑定可能會比較困難。