《巾幗梟雄》的結局展現了主要角色的命運和轉變：
四奶奶和柴九：
兩人被迫出任太平天國官員，因起義失敗被扣上叛賊罪名，面臨生命危險。
王爺證明他們為自己的密探，擺脫了叛國罪，免於一死。
柴九在與咳血病的較量中遺憾謝幕，康寶琦陪伴他走完生命中最後的時光。
蔣必文和殷鳳儀：
作為劇中的「惡人」，他們得到了應有的懲罰。
蔣必文聽信彭鏗蠱惑焚燒糧倉，卻將自己困於其中，釀成悲劇。
大奶奶：
因受打擊心灰意冷，最終選擇遁入空門。
其他角色：
蔣老爺岳華病死，大奶奶謝雪心變成瘋婦或皈依佛門。
二、三奶奶商天娥、惠英紅橫死，必文被火燒死，只有必正有好結果，與徐淑敏成一對。
該劇並沒有落入「好人好報、惡人惡報」的俗套結局中，而是展現了角色們複雜的人生和情感糾葛，尤其是柴九與康寶琦之間的患難與共，成為全劇的一大淚點。