《庫洛魔法使透明牌篇》的故事圍繞著牌與使用者之間的羈絆展開。主角牌透明卡牌被高中生早園莉莉絲找到，並由她展開冒險。她發現這些被選中的孩子具有特殊能力，並將他們組成牌組。故事也涉及到了角色們與過去有關的回憶，以及他們如何面對現實和情感的問題。在冒險的過程中，他們必須與其他牌組進行對戰，同時還要保護透明卡不被他人發現。故事的主線圍繞著透明卡牌的歸屬、保護與真愛之誓言的平衡，而各種角色的內心矛盾與情感變化也構成了一定的故事張力。最終，在魔法儀式交換中以光牌陣來打破暗牌陣的故事。這過程中暗牌代表貪婪的使用者的魔法世界混沌部分的一面（擁有追求更深不可見的生命的意義等夢想追求者的意義的人即風牌被真正的囚禁於誘惑）；象徵惡意負面地算計害人消耗不信任攻擊反抗的一部分深淵勢力卡了異域交界堵路的後門弱點通告進攻邪界橫著下逃向心靈蒼白的歪門；另面具始一設計欺凌複製控送的像誤把交流磨鍊建立於無力最無奈誤會自身的平衡暫時統一戰線（風）的弱者們被利用後背叛後反噬後反攻後被消滅後成為新的暗牌勢力；而光牌陣則代表了正義、善良、真實、愛、信任、溝通、理解、包容、自由、平等、和平等正面力量。
此外，故事中還涉及了早園莉莉絲與其幼年時的玩伴-七張庫洛與古文字碑與孋裘關係，但後期幼年的玩伴失蹤的事情一直懸念等結局來揭曉真相等線索，使整個故事變得更加豐富和完整。整個故事主線明確清晰且彼此關係錯綜複雜，將人物與牌的羈絆表現得淋漓盡致。此外，新加入的角色和故事線也豐富了整個故事的層次和內容，使得故事不僅有主線劇情的推動，也有情感的細膩描寫和角色的成長變化。