微波合成原理主要涉及微波場中電場與物質分子的相互作用，利用微波的快速、均勻和選擇性加熱特點來加速化學反應。具體來說：
微波發生器：由直流電源驅動的微波發生器產生交變電場，這是微波合成的基礎。
極性分子的加熱：在微波場中，極性分子因電荷分布不平衡而迅速吸收電磁波，導致分子產生高達每秒25億次的轉動和碰撞。這些極性分子隨外電場變化而擺動，產生熱效應。
偶極極化：能夠回響微波輻射並產生熱的物質必須具有偶極矩，即分子具有部分陰極和部分陽極的特性。在交變電場中，偶極分子重排，可能導致旋轉，進而引起分子間的摩擦，以熱的形式消耗能量。
離子傳導：樣品中溶解的帶電粒子（通常是離子）在微波場的影響下震盪，與鄰近的分子或原子碰撞，產生熱量。
微波合成技術通過上述機制加速反應速度，縮短反應時間，並提高反應效率，廣泛套用於現代有機/無機合成研究中。