拜拜時不能踩門檻這一風俗起源於先秦時期，當時臣子出入君主的門戶時，不能踩著門檻，只能側身而行。門檻不僅是地位尊卑的象徵，也是君臣禮儀的一部分。隨著時間的推移，這一風俗逐漸演變為家族地位高低的標誌。門檻還被認為具有遮擋污物和避邪的作用，象徵著豎立一道牆，將一切不好的東西擋在門外，尤其是鬼怪，以保護家人的平安幸福。在風水學中，門檻的木枋與房梁正頂的主枋同材，被認為具有鎮宅護平安的效用。因此，踩門檻被認為是不敬的行為，可能會破壞自家的風水，衝撞家神，即各家保護神。這一風俗一直延續到清朝。
在寺院中，門檻同樣被視為神聖不可侵犯的，因為門檻被認為與佛菩薩的肩膀或額頭相似，踩門檻是對佛菩薩的不敬，可能會受到懲罰。此外，門檻的「檻」與「坎」字同音，踩踏門檻也被認為寓意遇坎兒，因此有人認為跨過門檻可以寓意跨過坎坷，往後便會一帆風順。
綜上所述，拜拜時不能踩門檻的風俗源於古代的禮儀和信仰，具有保護家庭和驅邪避凶的意義，並且在寺院中具有特殊的宗教意義。