擠牙膏器的使用方法取決於其類型。以下是幾種常見擠牙膏器的使用方法：
多功能擠牙膏器（自帶牙刷杯）。首先，確保洗澡間牆壁乾燥，然後貼上防水粘膠並輕輕按壓以固定。將牙膏對準擠牙膏器中間的小孔，順時針方向螺旋直至完全按壓下去。之後，將擠牙膏器對準強力粘膠卡扣安裝，用牙膏頂住擠壓器進口的塑料卡扣即可擠出牙膏。
單片式擠牙膏器。手動拉住牙膏尾部伸入擠膏器口位置，通過拉伸擠出牙膏。
壁掛式擠牙膏器。將牙膏口安裝到擠膏器裏面，用牙刷伸入到擠膏器的出牙膏孔中，用牙刷背向下按壓以擠出牙膏。
桌上式擠牙膏器。將牙膏固定在擠膏器裏面，將牙刷伸入到擠膏器的出牙膏孔中，用牙刷背向下按壓以擠出牙膏。
自動擠牙膏器。首先將擠牙膏器的上下兩部分外殼拆開，然後將牙膏蓋打開，把膏管口插入吸入閥中，再將外殼合上。撕開背面的雙面膠，粘貼在需要安裝的地方。再用手把擠壓按鈕中的空氣排出。使用時，用牙刷適當的推一下擠壓按鈕，就能獲得與牙刷相匹配的牙膏量。
對於首次使用，建議使用新牙膏，並確保牙膏管口插入到位。如果推幾次沒有出牙膏，繼續一直擠，直到出牙膏爲止。如果使用舊牙膏，需要將牙膏擠到牙膏口處，多推一些以把牙膏內的空氣擠光。