數碼寶貝的進化方式主要包括以下幾種：
自動進化。數碼獸在吸收足夠的資源或其他能量後，可以自動進化。它們可以通過成長、積累經驗或訓練來實現進化。
神聖計劃進化。主角們通過數碼暴龍機（神聖計劃）與數碼獸互動，使其進化。這種方式是數碼寶貝系列中的常見進化方式。
裝甲進化。數碼獸通過特定的裝甲進行進化，這種方式在《數碼寶貝》第二部中被引入。裝甲進化可以使數碼獸從成長期直接進化到成熟期，或者更強的形態。
合體進化。兩隻或以上的數碼獸合併，創造出新的強大數碼獸。例如，“奧米加獸”是由“戰鬥暴龍獸”和“鋼鐵加魯魯獸”合體進化而來。
LV進化。數碼獸達到一定等級後，自動觸發進化，這種方式不會使數碼獸退回初始形態。
X抗體進化。通過特殊進化方式，如獲得X抗體，數碼獸可以獲得超越種族的力量。
除此之外，還有一些特殊的進化方式，如魂進化、生化進化等。這些進化方式展示了數碼寶貝系列的多樣性和創新性。