《新宿事件》的結局是多方面的，涉及多箇角色的命運。以下是部分角色的結局：
鐵頭：他決定冒險偷渡到日本尋找女友秀秀。秀秀已經改名爲江口結子，並與日本黑幫“三合會”副會長江口利成結婚。鐵頭開始與江口利成合作，吞併了臺南幫的地盤，並取得了居留證，可以合法在日本生活。鐵頭厭倦了打打殺殺的生活，打算將地盤交給阿杰來掌管，自己則與新女友麗麗迴歸普通人的生活。
秀秀：她最終死了，死在了最初打工的下水道，這是她最初來到日本討生活打工的地方，也是她和警察北野相識的地方，他們在這裏相識，又在這裏永別。
阿杰：他原本是個膽小單純的小夥子，被黑道砍掉一隻手掌。他最後染上了毒癮，把自己打扮得像鬼一樣，連曾經愛他的靜子也不能接受他了。他最終死在了一箇廢棄房內，甚是悽慘。
江口利成：他帶着殘餘的安心走了，最終也死了。
其他角色：影片中的其他角色，包括鐵頭的好兄弟們，以及黑道的一大幫人，也都死了。
影片的結局是悽慘的，鐵頭死了，阿杰死了，江口利成死了，其他角色也死了。鐵頭直到最後都一直沒有放棄規勸那幫和他一起出生入死的好兄弟，告訴他們，在別人的土地上，作爲外國人的他們是不可能闖出什麼天地的，就算你再有本事，別人也會想盡辦法打壓你。