新疆麵肺子的製作方法頗為獨特，主要步驟包括：
準備食材。選用新鮮的羊肺，確保肺子完整無破損，用清水反覆灌洗羊肺，直至肺變得白淨無色，同時，準備麵粉，用於洗出麵筋，此外，還需要植物油、孜然粉、鹽、黑胡椒粉等調料。
洗麵筋。將麵粉放入盆中，加入適量的水，揉成麵團後，讓麵團靜置一段時間，然後將麵團放入水中，不斷揉搓，以洗出麵筋。
灌入麵筋和水。將洗好的麵筋和適量的水混合，然後通過羊腸或羊肺的氣管，將麵筋水灌入肺葉，在灌入過程中，還可以添加一些調料，如黑胡椒粉、孜然粉、鹽等，以增加風味。
煮熟。將灌好的麵肺子放入鍋中，加入足夠的水，用大火煮沸後，轉小火慢慢燉煮，直至肺葉充分吸收麵筋水，變得飽滿有彈性，煮的過程中要定期檢查並去除浮沫。
切片和調味。煮熟的麵肺子切成小塊或條狀，可以根據個人口味加入不同的調料，如蒜末、香菜末、辣椒油、孜然粉等，拌勻後即可食用。
新疆麵肺子是一種特色美食，其製作過程雖然複雜，但成品口感獨特，風味十足。