日本有許多知名的保健食品品牌，其中包括：
ISDG醫食同源。該品牌隸屬於日本知名的保健食品公司ISDG，主要經營豆奶、肉、魚制食品等產品。
FANCL芳珂。該品牌是日本最大的「無添加」護膚及健康食品品牌，以無防腐劑、化學添加劑的美容及健康食品著稱。
小林製藥。該品牌成立於1998年，以生產消費者所需的生活必備品為宗旨，提供包括納豆營養品在內的多種健康產品。
DHC蝶翠詩。該品牌成立於1972年，是日本的綜合性企業集團，涵蓋化妝品、醫藥保健食品等多個領域。
SakuraNomori美康櫻森。該品牌屬於COCOSYS集團，以自然、純淨、天然、健康的產品特點著稱。
Otsuka大冢製藥。該品牌是日本著名的製藥公司，提供多種健康保健品。
此外，還有AG-X、明治、資生堂等也是日本著名的保健食品品牌。這些品牌在日本乃至全球範圍內都享有較高的聲譽和好評，提供各種類型的保健食品，滿足不同消費者的需求。