阿伊努人和琉球族
日本的土著居民主要包括阿伊努人和琉球族。阿伊努人，又稱「蝦夷」，是日本早期的一個土著民族，主要分布在北海道及其周邊地區，曾控制著島上三分之一的地區。琉球族則主要分布在琉球群島上，是琉球群島的原住民。
此外，日本還有來自東北土著、漢人、南島—東南類型等不同族群的移民，他們的後代在日本形成了不同的土著群體。例如，來自東北土著的群體，其多為日本北部和東部常見的類型，包括蒙古c系、阿依努d系、雅庫特n系等。而來自漢人的群體，主要分為大陸o2系和島嶼o1b2，他們分別來自中國和朝鮮的漢移民，以及海路移民。
需要注意的是，雖然阿伊努族的人口比華人和朝鮮族還要少，但他們才是日本真正的原住民。而「土著」的概念，是指一個地方的原始居民，在殖民者從其它地方來到之前，就住在他們土地上的人民。