柴犬的基因缺陷主要表現為白色柴犬的特性，這是一種由隱性基因造成的缺陷。白色柴犬與其他柴犬相比，可能表現出更活潑好動的性格，對主人的忠誠度較低，並且更容易生病，如出現皮膚病、眼部疾病和一些關節病。此外，白色柴犬的毛色不耐髒，且作為失格犬，不適合作為繁殖犬。
白色柴犬的基因缺陷不僅影響其外觀和性格，還可能破壞柴犬內部基因的多樣性。失格犬是指因繁育不當造成的缺陷犬，白色柴犬因其基因缺陷，在性格上可能更加具有攻擊性，且品相不佳。這些失格犬由於基因原因可能會有隱藏的遺傳病症，比其他柴犬更容易生病。
美國養犬俱樂部AKC不承認白色柴犬，認為它是失格的犬種，不能參加比賽。白色柴犬在外形、體格和行為上存在缺陷，其售價可能會因市場需求而波動。白色柴犬的身體和性格問題需要主人更多的關注和努力來管理和改善。
除了白色柴犬的基因缺陷外，柴犬還可能遺傳眼部疾病，如青光眼、漸進性視網膜萎縮症和白內障。這些遺傳性眼部疾病可能導致視力下降甚至失明。此外，膝關節錯位也是柴犬常見的疾病之一。為了預防這些眼部和膝關節問題，建議定期進行健康檢查，並在飲食中添加有益於眼睛健康的食品。