當發現檔案重複時，應按照以下步驟進行處理：
確定檔案類型。瞭解重複的檔案是學籍檔案還是人事檔案，因爲兩者的合併流程可能有所不同。
檔案歸屬地確認。確認檔案的存放位置，通常這些檔案是由具有檔案管理資質的機構統一管理的。
檔案合併流程。攜帶檔案到檔案管理機構進行託管，如果檔案已經在個人手中，需要先辦理激活，然後才能進行合併。
檔案合併操作。檔案管理機構的工作人員會覈查檔案資料的真實性、完整性，並在確認無誤後將兩份檔案資料合併到一起，重新密封檔案袋。
歸檔和激活。合併後的檔案成爲一份完整的檔案資料，存放到具有檔案管理資質的機構進行託管。
需要注意的是，檔案合併應由檔案管理部門的專業人員進行操作，個人不應自行拆封檔案或將其放在一起，以免檔案失效。如果個人沒有時間或不清楚檔案合併的流程，可以尋求檔案服務機構的幫助。