水丸的製作方法可以分為兩個主要流派：肉類水丸的製作和藥用水丸的製作。以下是詳細的步驟說明：
肉類水丸的製作。首先，準備肉餡，可以選擇五花肉或精肉剁成肉泥，加入蔥花、薑末、食鹽、十三香、料酒和一個雞蛋清，順著一個方向攪拌至肉餡上勁。然後，鍋中燒水，待水開始冒泡後，用手擠出丸子放入鍋中，丸子粘手的話可以沾些清水。保持小火，避免水燒開導致丸子煮散，等丸子飄起來後，撇去浮沫，煮約三分鐘。撈出丸子，盛出湯放在盆里。接著，鍋內放少許油，熱後放入蔥花、薑末爆香，加入配菜（如白菜、油菜、冬瓜等）煸炒，倒入丸子和原湯，再加些胡椒粉、食鹽和雞精調味，煮兩分鐘左右，最後加入一點香油後出鍋。
藥用水丸的製作。起模階段，先用噴霧器噴灑少許冷開水於糖衣罐中，然後撒入適量藥粉，使罐旋轉，待細粉均勻粘附後，用刷子由罐內以轉動相反的方向刷下。制丸階段，將母子置於旋轉的泛丸罐內，噴入適量的水，使母子潤濕均勻後，取藥粉均勻的撒布罐內，不斷旋轉，待藥粉完全粘附丸藥後，再加水及藥粉，反覆操作。乾燥階段，水丸製成後需置通風處晾乾，然後再曬乾或低溫烘乾。如果處方中含有芳香藥味或帶有細料藥，不宜烘或烈日爆曬，應採取自然乾燥或低溫通風乾燥。
以上方法分別介紹了肉類水丸和藥用水丸的製作流程，可以根據個人喜好和需求選擇適合的食譜進行嘗試。