水晶土的使用方法主要取決於其用途。以下是詳細介紹：
種植植物。首先清洗植物的根部泥土並去除腐敗的舊根，然後使用1:80到1:100倍的清水浸泡水晶土12到24小時，膨脹後濾幹多餘的水分，之後將膨脹的水晶土倒入透明玻璃器皿中，最好完全覆蓋植物根系，如果需要多種顏色混合，請先將每種顏色單獨泡好並濾幹水分後再分層混合，在浸泡水晶土時，可以加入適量香料或香水，使其成爲空氣清新劑。
進行手工製作。準備水晶土原料、切割工具和顏料等材料，按比例將水晶土原料與水混合併揉搓至完全混合均勻，進行形狀設計並使用切割工具在水晶土表面刻畫出造型，可以使用顏料爲水晶土造型上色，最後在通風處自然晾乾，注意製作過程中的手部衛生和工具的清潔。
此外，水晶土還可以用於露天種植的花木，可以均勻撒播在花木根部並覆蓋少許土壤；對於土培植物，可以將其拌入花卉根部土壤中，然後定期澆水；對於水培植物，可以在種植容器內留約1cm高的水，然後倒入部分水晶土並放入水培植物，再倒入更多水晶土以覆蓋並固定植物根部。