水杯的消毒方法取決於水杯的材質。常見的消毒方法包括：
塑膠水杯。不建議使用開水煮沸的方式消毒，因為高溫可能導致塑膠分解有害物質。若水杯耐高溫，可以在開水中煮3~5分鐘。對於不耐高溫的塑膠杯，可以使用鹽或醋溶液浸泡消毒，或者使用稀釋的漂白劑（1:99比例）浸泡10~15分鐘。
玻璃或陶瓷水杯。可以使用沸水煮沸5~10分鐘進行消毒。對於帶有顏色的陶瓷水杯，應注意去除鉛質。
不鏽鋼水杯。可以用開水泡5~10分鐘進行消毒。
電子產品等專用水杯。請遵循特定說明書上的清潔和消毒指導。
此外，還可以使用含70%的酒精或酒精消毒液擦拭水杯表面，或使用稀釋的八四消毒液（1:29比例）浸泡水杯20分鐘後洗淨。請注意，消毒後應將水杯存放在乾淨的保潔櫃中，避免再次污染。