水蜜丸的製作過程主要包括以下步驟：
煮取藥液。將藥材細粉放入鍋中，加入適量水，煮至藥粉重量的20%左右，例如500g的藥粉需要約100ml的藥液。
煉蜜。將蜂蜜倒入鍋中，其量為藥粉量的80%左右。持續攪拌並加熱至沸騰，然後繼續攪拌直至蜜的顏色變深，蜜量減少，達到中蜜狀態。
和面。將藥粉倒入大盆中，分多次加入藥液和蜜的混合物，每次加入後充分攪拌直至均勻。最後一次加入液體時，需攪拌至「三光」（面光、手光、盆光）。
搓丸。趁熱將麵團搓成小團，形成丸狀。也可以使用機器製作丸狀。
此外，在製作過程中還需考慮藥粉的性質和比例，例如含糖類、油脂類的藥材使用較少量的蜜；而含纖維素較多和質地疏鬆的藥材則使用較多量的蜜。還需根據季節調整蜜的使用量，夏季使用量少，冬季使用量多。在搓丸過程中，可以使用少量甘油、芝痲油或花生油等作為潤滑劑，以避免藥團粘手或粘器具。完成後，將藥丸用蠟紙、玻璃紙、塑膠袋或蠟殼包裝，並存放在陰涼乾燥處。