水螅綱的特徵主要包括：
個體特徵。水螅綱個體通常較小，呈水螅型或水母型。水螅型個體由基盤和直立的螅體組成，螅體端部有隆起的垂唇，中央為口，四周是一圈觸手。螅體外可能有圍鞘或裸露。群體生活的種類分為螅根、螅莖和螅體三部分。水螅型結構較簡單，只有簡單的消化循環腔。
生理特徵。水螅綱的體內構造簡單，有胃循環腔，無口道和隔膜，中膠層薄。群體水螅的個體往往分化為司營養的螅體與司生殖的生殖芽體。在管水母類中更分化出善於收縮的游泳個體及保護用的葉狀個體。
繁殖特徵。水螅綱的生殖腺由外胚層產生，生活史中大都有水螅型與水母型，即有世代交替現象。有些種類水螅型發達，無水母型或水母型不發達，也有群體發展為多態現象的。
形態特徵。水螅屬動物體長由幾毫米至15毫米，最長可達30厘米，但能收縮得極小。呈白色、粉紅色、綠色或褐色。螅體呈圓筒狀，通常透明，柔軟。體壁由兩層細胞組成，中隔一薄層（中膠層）。體底端為足或基盤，為附著器官，能分泌粘液。
此外，水螅綱的特徵還有觸手上有成堆的刺細胞，各條觸手能單獨動作，具有行動、捕食和禦敵的功能。有些種類基盤能分泌氣泡形成氣囊，使水螅自底層懸浮於水面。