活性污泥中的微生物種類繁多，主要包括以下幾種：
細菌。這是活性污泥中最主要的微生物，包括好氧和厭氧細菌，它們能夠分解和吸收各種有機物。
原生動物。如肉足蟲、鞭毛蟲、纖毛蟲等，這些原生動物通過吞噬作用來消化細菌和其他有機物。
後生動物。如輪蟲和線蟲等，這些多細胞動物在活性污泥系統中較少見，主要在出水水質較好或較穩定時出現。
真菌。如酵母菌和絲狀黴菌等，它們參與有機物的降解過程。
微型藻類。這些藻類含有葉綠素，可以進行光合作用，雖然不是活性污泥的主要組成部分，但在某些條件下也會生長。
病毒和亞病毒。這些對微生物的生存和活性有重要影響。
此外，活性污泥中還可能包括一些特殊的微生物群體，如鰓引環節動物、椎實螺屬軟體動物等。這些微生物共同構成了活性污泥的複雜生態系統，各自扮演著不同的角色，共同促進污水處理過程。