過關深圳灣口岸的流程大致如下：
前往口岸。如果從深圳灣口岸較遠的位置出發，可以選擇乘坐捷運至海月站B口，然後步行至口岸，或選擇計程車等其他交通方式。
出入境手續辦理。首先到達出境大廳，然後進入口岸中心區域，準備步行至香港出入境大廳。在香港出入境大廳，使用自助通關機器出示港澳通行證及有效簽注、健康申報碼（黑碼），接受香港邊檢人員檢查，完成入境手續。
交通方式。過關後，可以選擇搭乘香港公車前往最近捷運站，然後乘坐捷運到目的地；或者選擇旅遊大巴車，覆蓋香港主要地區；對於前往屯門的話，直接坐巴士即可；其他地方，到最左邊排隊坐B2P這趟車一個站到「天水圍」下車轉捷運，去哪都方便。
此外，深圳灣口岸支持人工查驗和自助通關兩種方式，其中深圳往香港和香港往深圳的過關方向不同，需要留意。記得攜帶必要的證件，如港澳通行證、身份證以及充電寶等必需品。