溶藻菌的溶藻方式主要包括以下兩種：
直接接觸溶藻：
溶藻菌直接與藻細胞接觸，通過釋放可溶解纖維素的酶來消化藻細胞的細胞壁，進而逐漸溶解整個藻細胞。例如，黏細菌能夠溶解藍藻、魚腥藻、束絲藻、微囊藻以及多種顫藻。
噬胞菌屬和腐生螺旋體屬能夠特異性地與橫裂甲藻和硅藻接觸，溶解藻細胞。
釋放殺藻物質：
細菌可以通過釋放特異性或非特異性的胞外物質殺死藻細胞。這些殺藻物質包括蛋白質、多肽類物質以及抗生素。例如，弧菌、假單胞菌、黃桿菌、交替單胞菌、假交替單胞菌等都能產生這些殺藻物質。
蛋白質與多肽類物質：如交替假單胞菌A28產生的胞外絲氨酸蛋白酶，以及被囊交替假單胞菌D2分泌的分子質量爲190kD的毒性蛋白ΔlpP，都具有殺藻活性。
抗生素：銅綠假單胞菌產生的擴散性吩嗪色素類物質等，對其他細菌和藻類都有抑製作用。
以上信息表明，溶藻菌通過直接接觸或釋放特定的殺藻物質來溶解或殺死藻細胞，這兩種方式都有效地控制了藻類的生長和繁殖。