辦理菸草證的流程大致如下：
申請。申請人可以通過兩種途徑提交申請：一是直接到經營場所所在地的菸草專賣局辦證廳遞交《菸草專賣零售許可證申請(換證)審批表》及其他申請材料；二是通過登錄系統，在「網上辦公」欄目進行網上申請。
受理。菸草專賣局在受理申請時，會檢查申請材料是否齊全、符合法定形式。如果材料齊全且符合要求，菸草專賣局將受理申請，並發出《受理行政許可通知書》。
實地核查。菸草專賣局會指派工作人員到經營場所進行實地核查，以確認申請內容與實際情況是否一致，並考慮當地合理布局的要求。
審核。審核人員將根據有關法律法規和當地合理布局要求，對申請人提交材料的真實性、合法性、有效性和完整性進行審核，並提出是否辦理的意見。
審批。審批人將根據法律法規和當地合理布局要求進行覆審，並在受理之日起20個工作日內作出審批決定。如果予以辦理，將發布領證公告，申請人可憑此領取許可證；若不予辦理，菸草專賣局將發出《不予行政許可通知書》，並告知申請人享有依法申請行政複議或提起行政訴訟的權利。
此外，辦理菸草證還需要準備一些基本材料，如申請表、營業執照、身份證明、經營場所的證明（包括房東的房產證明和租賃契約）、代辦人的身份證明和委託證明等。需要注意的是，申請材料必須齊全且符合法定形式，且經營場所與相鄰菸草店之間通常存在一定的距離限制。