根據提供的信息，瑪麗並沒有真正死亡。以下是詳細的分析：
情節背景：在劇中，瑪麗在執行任務時遭遇了背叛和失敗，但她僥倖逃脫。隨後，一系列事件指向了她的死亡，但實際上這是她的假死計劃。
劇情暗示：
福爾摩斯的哥哥提到，只有一種永恆的方式才能讓這些“特工”歸於平靜，暗示了死亡。這表明死亡是特工們無法擺脫的宿命，但同時也暗示了瑪麗可能是通過假死來擺脫這一命運。
瑪麗在劇中請求華生保護她的婚姻，這一情節以及其他與家庭、婚姻相關的細節，都暗示了瑪麗有計劃地安排了自己的“死亡”。
在最後的衝突中，福爾摩斯可能故意設計了讓瑪麗中空包彈的情節，以此保全她的身份，並讓華生懸崖勒馬。
綜上所述，瑪麗的“死亡”實際上是她爲了擺脫作爲前祕密特工的宿命而精心策劃的假死。這一計劃不僅保護了她的身份，也讓她能夠擺脫與死亡的關聯，從而實現了她與家庭的和解。