甘蔗水的保存時間取決於其存放的環境和條件。如果甘蔗水在煮沸後放置在相對封閉的容器中，並且存放在較低溫度的環境中，如冰櫃，它可以在一定程度上抑制細菌的繁殖。在這種情況下，甘蔗水可以保存一夜，第二天如果沒有發現臭味或混濁且有菌落，可以繼續飲用。然而，如果甘蔗水放置在開放的容器中，或者存放在溫暖或常溫環境中，細菌和其他微生物可能會大量繁殖，這種情況下應立即飲用，避免引起腹部疼痛和其他不適。
在常溫下保存甘蔗水時，應在2小時內喝完，因為甘蔗富含糖分，容易滋生細菌等有害物質。如果將甘蔗水放入冰櫃冷藏室，可以保存兩天。如果甘蔗水已經結冰，可以保存大約一個月左右，但不宜久藏，以免降低甘蔗的口感和營養價值。