甜瓜苗根系不健康的原因可能包括：
漚根。這是大棚甜瓜幼苗死亡的常見原因之一，通常由於大水漫灌或陰雨天澆水後未能及時排水，導致幼苗期出現低溫和高濕環境。
病害。如猝倒病、立枯病等，這些病害在根頸處形成水浸狀病斑，導致幼苗萎蔫死亡。
肥料燒根。未腐熟的農家肥，特別是雞糞，或過量肥料施用，會導致土壤肥力過大，危害作物根系。
溫濕度和pH值不適宜。特別是地溫低於15度時，甜瓜根系生長緩慢，低於12度時幾乎停止生長；高溫也可能傷害根系，尤其是在夏秋季種植時。
種子帶菌或重茬地塊土壤帶菌。這可能導致作物幼苗發病，進而影響生長發育。
嫁接接口感染。由疫霉、鐮刀菌、細菌等感染引起，導致莖基部接口處褐變，秧苗枯萎死亡。
控水不當。過度控制水分會導致根系細胞壞死，造成傷根。
為了維護甜瓜苗的健康根系，應避免上述不利條件，並採取相應的管理措施。