甲基磺酸是一種多功能的化學試劑，具有廣泛的套用。其主要用途包括：
作為催化劑。甲基磺酸在許多有機化學反應中充當酸催化劑，例如酯化反應。它也用於合成染料和有機化合物。
作為分析試劑。甲基磺酸被用作色譜固定液、酸性清洗劑和分析試劑，如滴定分析中金屬離子含量的測定。
在特定工業中的套用。如醫藥、皮革、造紙、紡織和洗滌等行業。它也用於橡膠工業中的防老劑和促進劑的生產，以及香精行業。
在電鍍領域。甲基磺酸被用作電鍍液，特別是在錫和錫鉛合金電鍍上，具有良好的套用前景。
此外，甲基磺酸還具有強酸性和氧化性，因此也用作脫色劑和氧化劑。在醫藥領域，它用於製造降血脂藥物、利尿劑、止血劑、消炎藥和免疫調節劑等。甲基磺酸也用於農藥領域，作為殺蟲劑、殺菌劑和除草劑的原料。
由於甲基磺酸的強酸性和潛在的毒性，使用時應採取適當的安全措施。