疏水性胺基酸是指側鏈具有高度疏水性的胺基酸，主要包括以下幾種：
色氨酸
苯丙氨酸
纈氨酸
亮氨酸
異亮氨酸
丙氨酸
脯氨酸
蛋氨酸（甲硫氨酸）
這些胺基酸由於其疏水的相互作用，在蛋白質內部對於保持蛋白質的三級結構上起著重要的作用。此外，在酶和基質、抗體和抗原間的相互作用等各種非共價鍵的分子結合方面，也扮演著重要的角色。例如，在抗體的與抗原結合的部位上有很多疏水性胺基酸，它們會參與到與半抗原的結合中。同時，在維持生物膜的結構方面，如紅血球膜上存在的血型糖蛋白，其膜內部分含有許多疏水性胺基酸，這些胺基酸會形成一個疏水的區域，起到相應的作用。