石漠化的危害主要包括以下幾個方面：
水土流失、旱澇災害頻發。石漠化導致土壤貧瘠，水源和氣候的調節功能下降，容易發生山洪、滑坡、土石流等自然災害，且石漠化山地岩石裸露率高，土壤少，貯水能力低，岩層漏水性強，極易引起缺水乾旱，而大雨又會導致嚴重水土流失，造成旱澇災害頻繁發生。
耕地減少、農業生產受影響。石漠化會直接導致土地承載能力大幅度降低甚至喪失，縮小了人類的生存發展空間，使耕地面積減少，土壤生產力下降，從而影響農業生產產量，造成經濟作物的結構單一以及經濟作物產量的大量減少，影響當地居民的收入。
生態環境退化、生物多樣性受損。石漠化與水土嚴重流失已形成惡性循環，造成的山窮、水枯、林衰、土瘦，給生態環境帶來嚴重破壞，生物多樣性受損，許多地方不得不考慮生態移民。
此外，石漠化還會影響長江、珠江流域的生態安全，岩溶地區是珠江的源頭，是長江水源的重要補給區，生態區位特別重要，石漠化會影響這些流域的水質和水量，給中下游地區帶來洪水威脅等。