蘑菇被稱為「菌」是因為它本質上屬於真菌類生物。
真菌是一種不開花、沒有莖和葉子的低等植物，不含葉綠素，不能進行光合作用，因此不能自己製造養料，通常依賴於寄生生活。蘑菇作為真菌的一種，其生長和繁殖主要通過孢子進行，而不是通過種子。在歷史上，「菌」這個詞彙在古代文獻中常用來指代各類真菌，包括蘑菇在內。例如，從戰國時期到清代的文獻中，「菌」或「菌子」是菌類的主要稱謂。而「蘑菇」這個詞則可能源自蒙古語，特別是在明代，隨著草原蘑菇通過張家口與中原的貿易，這個詞彙開始流行起來。不過，在雲南地區，「菌子」仍然指的是野生的菌類，而人工種植的蘑菇則不這樣稱呼。