關於綠島馬蹄橋的故事有很多版本，以下為其中兩個版本：
版本一：早年，有一對情侶常在這一帶出沒，有時他們還會在橋下避風，共渡風雨之夜。然而，一天晚上，男孩出海捕魚，一去不復返。女孩便每天晚上都在橋上等他，不論風霜雨雪，至死不渝。
版本二：一對戀人在橋下幽會，女子欲投河自盡，在水中飄著一片金鎖片，上面刻著她的名字和地址。男子翻山越嶺尋至海邊尋獲金鎖，持至橋上尋女子未果。從那以後，這座橋上多了個馬蹄印記。而男子傷感成疾，死後化作海中水鬼，詛咒報復得逞的水匪。
這些都是當地民間故事，是綠島馬蹄橋的一部分傳說。