腐植酸的使用方法多樣，可以根據不同的農業需求和作物類型來選擇。其主要用法包括：
浸種。用0.005%至0.05%的腐植酸溶液浸種，可以提高種子發芽率，加速出苗，增強幼苗髮根能力。浸種時間一般為5至10小時，對於硬殼種子如水稻、棉花等，則為24小時。
浸根、蘸根。用0.01%至0.05%的腐植酸溶液浸泡或蘸根，可以加速髮根，提高成活率。
根外噴灑。用0.01%至0.05%的腐植酸溶液噴灑在作物上，尤其在花期噴施2至3次，效果更佳。噴灑時間以下午2至4點為宜。
作基肥或追肥。固體腐植酸肥（如腐植酸銨等）每667平方米用量100至150千克，作為基肥施用。腐植酸溶液作基肥時，濃度為0.05%至0.1%，每667平方米用量250至400升水溶液。追肥時，每667平方米用0.01%至0.1%濃度的水溶液250升左右，澆灌在作物根系附近。
在使用腐植酸時，應注意其不是越多越好，而是要少量多次，並且結合沖施和噴施，以達到最佳效果。同時，要注意不同作物對腐植酸的反應可能不同，一些作物如蘿蔔、馬鈴薯、紅薯等對腐植酸的吸收效果明顯，而一些油料作物如油菜、蓖痲等效果不明顯。